Η Διεύθυνση Ελέγχου αποτελεί ουσιαστικό «εργαλείο» του Υπουργού για την άσκηση πρωτοβάθμιου (κυρίως προληπτικού αλλά ορισμένες φορές και κατασταλτικού) ελέγχου σε όλα τα Τμήματα του Υπουργείου και κυρίως στα Τεχνικά Τμήματα δηλαδή το Τμήμα Δημοσίων Έργων και το Τμήμα Ηλεκτρομηχανολογικών Υπηρεσιών. Παράλληλα, η Διεύθυνση Ελέγχου κέκτηται αυτοτελούς αρμοδιότητας διενέργειας τεχνικού, οικονομικού και διαχειριστικού ελέγχου σε όλα τα Τμήματα του Υπουργείου Μεταφορών, Επικοινωνιών και Έργων.
Η Διεύθυνση Ελέγχου του Υπουργείου Μεταφορών, Επικοινωνιών και Έργων από το 2013 λειτουργεί στη βάση συγκεκριμένων κατευθυντήριων γραμμών που τέθηκαν στην Aπόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου Αρ. 76.025 και ημερομ. 6.11.2013. Με βάση την Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου Αρ. 75.481 και ημερομ. 10.7.2013 (Μηχανισμοί Ελέγχου της Κρατικής Μηχανής), καθώς και το άρθρο 80(2) του Νόμου που προνοεί περί της Δημοσιονομικής Ευθύνης και του Δημοσιονομικού Πλαισίου (Ν.20(Ι)/2014 η Διεύθυνση Ελέγχου υπάγεται και λογοδοτεί στον Υπουργό.
Στις 12.12.2016, το Υπουργικό Συμβούλιο, με την Απόφαση του με Αρ. 81.770Β αναθεώρησε το πλαίσιο λειτουργίας των Μονάδων Ελέγχου σε όλα τα Υπουργεία μέσω της υιοθέτησης του «Μοντέλου των Τριών Γραμμών Άμυνας».
Η Διεύθυνση Ελέγχου του Υπουργείου Μεταφορών, Επικοινωνιών και Έργων δημιουργήθηκε το 1961, αμέσως μετά τη δημιουργία της Κυπριακής Δημοκρατίας, αρχικά ως Κλάδος του Τμήματος Δημοσίων Έργων. Η στελέχωση του Κλάδου Ελέγχου γινόταν αποκλειστικά με Λειτουργούς και Τεχνικούς του Τμήματος Δημοσίων Έργων. Το 1980, για λόγους ανεξαρτητοποίησης του διενεργούμενου ελέγχου, ο Κλάδος Ελέγχου υπάχθηκε απευθείας στο Γενικό Διευθυντή του Υπουργείου και το 1983 άρχισε σταδιακά η απόσπαση προσωπικού από τα Τμήματα Δημοσίων Έργων και Ηλεκτρομηχανολογικών Υπηρεσιών και αργότερα η δημιουργία οργανικών θέσεων για Λειτουργούς Ελέγχου. Από το 1995 ο Κλάδος Ελέγχου μετεξελίχθηκε σε Διεύθυνση Ελέγχου με τη δημιουργία και πλήρωση οργανικών θέσεων για το επιστημονικό προσωπικό. Οι Τεχνικοί της Διεύθυνσης Ελέγχου παρέμειναν αποσπασμένοι από τα Τμήματα Δημοσίων Έργων και Ηλεκτρομηχανολογικών Υπηρεσιών.
Ο ρόλος της Διεύθυνσης Ελέγχου σταδιακά έχει διευρυνθεί σημαντικά και οι δραστηριότητες της καλύπτουν σήμερα όλους τους τομείς εκτελεστικών δραστηριοτήτων των Τμημάτων του Υπουργείου. Ο έλεγχος που διενεργεί με τη συμμετοχή της στις διάφορες επιτροπές εφαρμογής της νομοθεσίας που σχετίζεται με τις διαδικασίες σύναψης και εκτέλεσης δημοσίων συμβάσεων (συμβούλια προσφορών, επιτροπές αξιολόγησης προσφορών, επιτροπές προδιαγραφών, επιτροπές παρακολούθησης έργων, επιτροπές αλλαγών και απαιτήσεων κλπ) είναι έντονος, ουσιαστικός και αποτελεσματικός. Η παρουσία της Διεύθυνσης Ελέγχου στα εργοτάξια για τεχνικό έλεγχο των εργασιών και οικονομικό έλεγχο των πληρωμών έχει σημαντικά αποτελέσματα στη διασφάλιση του ποιοτικού επιπέδου των εκτελουμένων έργων, της ορθής διαχείρισης των δημοσίων συμβάσεων και γενικότερα στην εφαρμογή των αρχών χρηστής διοίκησης και στη ενίσχυση και βελτίωση των διαδικασιών. Η Διεύθυνση Ελέγχου παρεμβαίνει επίσης στις περιπτώσεις που εκ των υστέρων παρατηρούνται κάποιες αδυναμίες.
Με την Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου ημερομηνίας 6/4/2005 η Διεύθυνση Ελέγχου ορίστηκε ως Ενδιάμεσος Φορέας στο Υπουργείο Μεταφορών, Επικοινωνιών και Έργων για τα έργα του που συγχρηματοδοτήθηκαν από το Ταμείο Συνοχής της Ευρωπαϊκής Ένωσης στον Τομέα Μεταφορών για την προγραμματική περίοδο 2004-2006. Στη συνέχεια για τη Προγραμματική Περίοδο 2007-2013, η Διεύθυνση Ελέγχου ορίστηκε ως Ενδιάμεσος Φορέας για έργα που αφορούν και Υπουργεία πέραν του Υπουργείου Μεταφορών, Επικοινωνιών και Έργων.
Για την νέα προγραμματική περίοδο 2014-2020, μετά από Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου με Αρ. 79.735 και ημερομηνία 17/11/2015, η Διεύθυνση Ελέγχου ορίστηκε Ενδιάμεσος Φορέας για το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Ανταγωνιστικότητα και Αειφόρος Ανάπτυξη». Η Διεύθυνση Ελέγχου ως Ενδιάμεσος Φορέας ανάλαβε αρμοδιότητες διαχείρισης έργων που εντάσσονται στους πιο κάτω Άξονες Προτεραιότητας:
I. Μείωση Εκπομπών Διοξειδίου του Άνθρακα και Προσαρμογή στην Κλιματική Αλλαγή.
II. Προστασία του Περιβάλλοντος και Αποδοτική Διαχείριση των Πόρων.
III. Διαχείριση Φυσικών και Πολιτιστικών Πόρων.
IV. Προώθηση Βιώσιμων Μεταφορών.
Τα νέα καθήκοντα τα οποία έχουν ανατεθεί στη Διεύθυνση Ελέγχου είναι σε όγκο και ευθύνη πολύ μεγάλα και έχουν αυξήσει σημαντικά το φάσμα των δραστηριοτήτων και αρμοδιοτήτων της. Είναι επίσης σημαντικό ότι, η Διεύθυνση Ελέγχου έχει αναλάβει καθήκοντα σε τομείς ειδικοτήτων (περιβάλλον και ενέργεια) με τους οποίους μέχρι πρότινος δεν ασχολείτο.