Η Διεύθυνση Ελέγχου αποτελεί ουσιαστικό «εργαλείο» του Υπουργού για την άσκηση πρωτοβάθμιου (κυρίως προληπτικού αλλά ορισμένες φορές και κατασταλτικού) ελέγχου σε όλα τα Τμήματα του Υπουργείου και κυρίως στα Τεχνικά Τμήματα δηλαδή το Τμήμα Δημοσίων Έργων και το Τμήμα Ηλεκτρομηχανολογικών Υπηρεσιών. Παράλληλα, η Διεύθυνση Ελέγχου κέκτηται αυτοτελούς αρμοδιότητας διενέργειας τεχνικού, οικονομικού και διαχειριστικού ελέγχου σε όλα τα Τμήματα του Υπουργείου Μεταφορών, Επικοινωνιών και Έργων.

Η Διεύθυνση Ελέγχου του Υπουργείου Μεταφορών, Επικοινωνιών και Έργων από το 2013 λειτουργεί στη βάση συγκεκριμένων κατευθυντήριων γραμμών που τέθηκαν στην Aπόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου Αρ. 76.025 και ημερομ. 6.11.2013. Με βάση την Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου Αρ. 75.481 και ημερομ. 10.7.2013 (Μηχανισμοί Ελέγχου της Κρατικής Μηχανής), καθώς και το άρθρο 80(2) του Νόμου που προνοεί περί της Δημοσιονομικής Ευθύνης και του Δημοσιονομικού Πλαισίου (Ν.20(Ι)/2014 η Διεύθυνση Ελέγχου υπάγεται και λογοδοτεί στον Υπουργό.

Στις 12.12.2016, το Υπουργικό Συμβούλιο, με την Απόφαση του με Αρ. 81.770Β αναθεώρησε το πλαίσιο λειτουργίας των Μονάδων Ελέγχου σε όλα τα Υπουργεία μέσω της υιοθέτησης του «Μοντέλου των Τριών Γραμμών Άμυνας».

Με την Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου ημερομηνίας 6/4/2005 η Διεύθυνση Ελέγχου ορίστηκε ως Ενδιάμεσος Φορέας στο Υπουργείο Μεταφορών, Επικοινωνιών και Έργων για τα έργα του που συγχρηματοδοτήθηκαν από το Ταμείο Συνοχής της Ευρωπαϊκής Ένωσης στον Τομέα Μεταφορών για την προγραμματική περίοδο 2004-2006. Στη συνέχεια για τη Προγραμματική Περίοδο 2007-2013, η Διεύθυνση Ελέγχου ορίστηκε ως Ενδιάμεσος Φορέας για έργα που αφορούν και Υπουργεία πέραν του Υπουργείου Μεταφορών, Επικοινωνιών και Έργων.

Για την νέα προγραμματική περίοδο 2014-2020, μετά από Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου με Αρ. 79.735 και ημερομηνία 17/11/2015, η Διεύθυνση Ελέγχου ορίστηκε Ενδιάμεσος Φορέας για το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Ανταγωνιστικότητα και Αειφόρος Ανάπτυξη». Η Διεύθυνση Ελέγχου ως Ενδιάμεσος Φορέας ανάλαβε αρμοδιότητες διαχείρισης έργων που εντάσσονται στους πιο κάτω Άξονες Προτεραιότητας:

I. Μείωση Εκπομπών Διοξειδίου του Άνθρακα και Προσαρμογή στην Κλιματική Αλλαγή.
II. Προστασία του Περιβάλλοντος και Αποδοτική Διαχείριση των Πόρων.
III. Διαχείριση Φυσικών και Πολιτιστικών Πόρων.
IV. Προώθηση Βιώσιμων Μεταφορών.

Τα νέα καθήκοντα τα οποία έχουν ανατεθεί στη Διεύθυνση Ελέγχου είναι σε όγκο και ευθύνη πολύ μεγάλα και έχουν αυξήσει σημαντικά το φάσμα των δραστηριοτήτων και αρμοδιοτήτων της. Είναι επίσης σημαντικό ότι η Διεύθυνση Ελέγχου έχει αναλάβει καθήκοντα σε τομείς ειδικοτήτων (περιβάλλον και ενέργεια) με τους οποίους μέχρι πρότινος δεν ασχολείτο.